Γεννημένος στην Προύσα το 1909, ο Ναπολέων Σουκατζίδης βρέθηκε πρόσφυγας μετά το 1922 στην Κρήτη και σπούδασε στην Εμπορική Σχολή του Ηρακλείου. Έχοντας ενταχθεί στο ΚΚΕ, ανέπτυξε συνδικαλιστική δραστηριότητα στον χώρο των εμποροϋπαλλήλων και εκλέχτηκε πρόεδρος του σωματείου του.
Με την επιβολή της δικτατορίας Μεταξά, το 1936, ο Σουκατζίδης εξορίστηκε στον Αϊ-Στράτη και το 1937 φυλακίστηκε στην Ακροναυπλία. Ήταν μεταξύ των δύο χιλιάδων περίπου κομμουνιστών κρατουμένων που το καθεστώς παρέδωσε στους κατακτητές μετά την κατάρρευσή του το 1941. Απ' αυτούς περίπου οχτακόσιοι κατόρθωσαν κατά καιρούς να αποδράσουν, ενώ οι υπόλοιποι εκτελέστηκαν ως αντίποινα για τη δράση του ΕΛΑΣ.
Ο Σουκατζίδης μεταφέρθηκε το 1941 στις φυλακές Τρικάλων, από εκεί στις φυλακές της Λάρισας και τελικά στο στρατόπεδο του Χαϊδαρίου. Ως γνώστης της γερμανικής γλώσσας ήταν διερμηνέας μεταξύ Γερμανών και κρατουμένων.
Όταν στις 27 Απριλίου 1944 τμήμα του ΕΛΑΣ Λακωνίας εκτέλεσε στον δρόμο των Μολάων 
τον γερμανό στρατηγό Κρεντς και τρεις συνοδούς του, η γερμανική Στρατιωτική Διοίκηση διέταξε την εκτέλεση 200 κομμουνιστών κρατουμένων στο Χαϊδάρι. Κατά την ανάγνωση των ονομάτων αυτών που θα εκτελούνταν, ο γερμανός αξιωματικός σταμάτησε στο όνομα του Σουκατζίδη και λόγω της ιδιότητάς του ως διερμηνέα ζήτησε να αντικατασταθεί από κάποιον άλλον κρατούμενο.
Ο Ναπολέων Σουκατζίδης αρνήθηκε να αντικατασταθεί. Εκτελέστηκε μαζί με τους άλλους 199 συντρόφους του, το πρωί της Πρωτομαγιάς 1944 στο σκοπευτήριο της Καισαριανής.